Травников Олег Иванович
православный христианин
Тема: #105031
Сообщение: #3966028
08.12.22 19:30
|
Проясню про молекулярные бусы полинуклеотиды и полипептиды, на примере полинуклеотидов. Полинуклеотид это цепочка нуклеотидов. Макромолекула нуклеотида состоит из трех частей остатка фосфорной кислоты, которая у всех нуклеотидов одинакова, её еще называют фосфатом этот элемент ниточки бус, Пентозы или сахара, который 5-м углеродом крепится к фосфату, и Азотным основанием который крепится к 1-му атому углерода пентозы, их 4 вида, поэтому и 4 вида нуклеотидов. Полинуклеотид РНК имеет крайней нуклеотид в ципи, куда прикрепляется новый нуклеотид фосфатом своим гидроксилом Р-ОН к гидроксильной группе НО-С 3-му углероду Пентозы нуклеотида в полинуклеотидной цепи, при абиогенезе нет ферментов, поэтому реакция соединения бус нуклеотидов дегидратация. Реакция медленная, потому как нет фермента автомата точно автоматически ставящая друг против в друга активированный нуклеотид нуклеозидтрифосфат и нуклеотиду на 3-конце полинуклеотида, и механизма отщепления дифосфата, что даёт большую энергию для реакции, когда гидроксил пентозы переходит к атому фосфора Р-ОН оторвавшейся от присоединяемого к полинуклеотидной цепи активированного нуклеотида НТФ, ФФ - дифосфат отплывает в раствор, а НТФ превращается в обычный нуклеотид нуклеозидмонофосфат или просто нуклеотид, фосфат которого потеряв гидроксильную группу своим фосфором присоединяется к кислороду присоединенному к 3-му углероду пентозы последнего нуклеотида полинуклеотидной цепи, по сути произошел обмен Кислородом и Водородом, гидроксил ОН присоединился к фосфору дифосфата, а фосфор присоединяемого нуклеотида к кислороду пентозы на 3-м углероде сидящим. Это реакция требует наличие ферментов и невозможна при абиогенезе в таком виде, она очень скоростная. При абиогенезе нет ферментов, они только собираются медленно, и постоянно разрушаются гидролизом. Медленная реакция нанизывания молекулярных бусинок нуклеотидов в цепочку бус полинуклеотидов это реакция дегидратации и работает она с неактивированными нуклеотидами НМФ это нуклеотид с 1 фосфатом монофосфатом аббревиатура НМФ. Фермент это роботизированный молекулярный автомат, а в абиогенезе нет ферментов, а есть грязная лужа раствор, в котором под действием тепловой энергии потоки молекул воды медленно движется как чернила в воде хаотично, также хаотично уравнение движения описывается ротором или кручением, а чтобы реакция дегидратации произошла хаотичные потоки молекул воды должны развернуть нуклеотид случайным удачным образом так чтобы электронные облака гидроксила фосфата Р-ОН пересеклись с гидроксилом пентозы последнего нуклеотида полипептида РНК, который весит на 3-м углероде Пентозы С-ОН + НО-Р = С-О-Р + НОН где СО-Р сложноэфирная связь соединяющая нуклеотиды в бусы, где С - третий углерод пентозы одного нуклеотида, а -Р это фосфор часть фосфорного остатка присоединенного нуклеотида О-Р это фосфодиэфирная связь является той самой ниточкой соединяющий нуклеотиды в бусы РНК и ДНК. Молекула воды НОН или Н2О она уходит в раствор. Гидролиз обратный процесс, когда молекула воды из водного раствора при разрыве фосфодиэфирной связи СО-Р +НОН = С-ОН +НО-Р где С-ОН это 3 углерод пентозы одного нуклеотида полинуклеотидной цепи, а НО-Р закрытое гидроксилом фосфата другого нуклеотида. так гидролиз разрывает фосфодиэфирной связи или ниточки на которые нанизаны бусинки. Вы видите что процесс сборки полинуклеотидов РНК происходит по одному нуклеотиду с одного 3- конца путем случайного присоединения фосфата весящего на 5-м атоме углерода углеродного кольца пентозы реакцией дегидратации. Здесь нет целесообразности и целенаправленности, а только случайное присоединение ближайшего нуклеотида, в растворе растворено всего 4 вида, поэтому вероятность 1/4, а так как все события независимые, то есть при выборки из раствора каждого вида нуклеотидов плотность распределения вероятностей не меняется вероятность всегда сохраняется в среднем 1/4, все нуклеотиды равномерно распределены в растворе в одинаковых пропорций, только в этом случае вероятность максимально высокая, любое нарушения равных пропорций уменьшает вероятность возникновение жизни. Если вам нужно собрать бусы только одного цвета из 1000 бусинок, то вероятность такой сборки равна 1000 раз перемножить 1/4 или 4^-1000 или в 4 в минус 1000 степени более привычно 10^-600
|
|
Травников Олег Иванович
православный христианин
Тема: #105031
Сообщение: #3966042
09.12.22 08:45
|
Возникновение жизни в процессе абиогенеза не может быть длительным накопительным событием. Накопительным значит что информация длительное время должна сохранятся. Но окружающая агрессивная среда довольно быстро разрушает полинуклеотидные и полипептидные последовательности, не давая им возможности обрести целенаправленные каталитические свойства молекулярных механизмом. Процесс абиогенеза должен быть целенаправленным и согласованным, а это возможно только при разумном подходе к процессу. Все молекулы движутся хаотично или в русле потоков молекул воды, поэтому такой процесс не может быть целенаправленным и согласованным если нет внешней сверхъестественной разумной силы совершающей целенаправленную работу по перемещению молекул. В природе таких сил нет, а если природу понимать как замкнутую термодинамическую систему, то в ней должен выполнятся закон сохранения потока плотности вероятностей, то есть жизнь в такой вселенной практически невозможна. Но в нашей вселенной жизнь существует, а это означает что в далёком прошлом в абиогенезе работали не только природные силы, а сверхъестественные разумные. Для возникновения клетки как самовоспроизводящегося автомата с программным обеспечением должно быть отведено ограниченное местом и временем условие абиогенеза, поэтому все траектории макромолекул должны быть точно определены замыслом проекта, целесообразностью требуемым задачам и точным определениям целенаправленности. Нет времени ни на одну ошибку, потомушто тут как в математике всего лишь одна ошибка в выкладки делает все решение неправильным. Все независимые процессы сборки молекулярных механизмов и машин должны быть чрезвычайной высокой точностью согласованы функционально. А как уже было сказано вероятность возникновения случайным образом одного их тысяч молекулярных механизмом настолько мала, что в нашей вселенной нет такого числа частиц событий чтобы сделать вероятность возникновения одного фермента возможным. А нужно собрать быстро, при том что в процессе абиогенеза все процессы сборки молекулярных машин и механизмов медленные, а сами сборки чрезвычайно нестабильные. Время на сборку клетки меньше суток, а скорость сборки без ферментов очень низкая 0,5 молекул в час. Вы представьте, что в пространстве липидного пузыря размером с клетку одновременно должны протекать тысячи и тысячи процессов безошибочной сборки молекулярных машин без ошибочно по незримому проекту, в котором все функциональные каталитические свойства всех молекулярных машин и механизмов согласованы общей целью функционирования жизни. Идут десятки или сотни независимых процессов сборки молекулярных механизмов в пространстве клетки и в короткое время, в течении которого гидролиз и мутации не успевают нарушить функциональную согласованность, в клетки за это время должны возникнуть функционал защиты клетки от нарушения согласованность функций, и все это должно произойти не за миллиарды лет, а за считанные часы. За это же время все функционально согласованные молекулярные машины и механизмы должны быть закодированы в ДНК, а для этого нужно создать все условия для работы генетического кода со всеми необходимыми молекулярными механизмами. Создать генетический алфавит, генетический словарь из триплетов кодонов играющих роль генетического слова кодирующего аминокислоту или знак препинания в генетическом предложении, в роли генетического предложения выступает Ген кодирующий белок, Старт-кадони ставится всегда вначале генетического предложения, а стоп кодон это три триплета не кодирующие аминокислоту выполняют роль точки в генетическом предложении Гена. Всего в генетическом словаре 61 генетическое слово с 20 смыслами аминокислотами, несколько кодонов кодируют одну и ту же аминокислоту. Это стало возможным из-за согласованного процесса сборки 61 тРНК с и 20 ферментов Аминоацил-тРНК-синтетаза. 61 тРНК каждая имеет типичную длину от 73 до 93 нуклеотидов имеет уникальное антикодонное плечо, и 20 особенностей формы третичной структуры, то есть пространственная объемная структура у некоторых тРНК совпадает, а отличается только антикодоном. Аминоацил-тРНК-синтетаза фермент состоит из аминокислот закрученных в объемную пространственную структуры уникальным образом, уникальность зависит то точного места точно заданной аминокислоты в первичной структуре последовательности аминокислот полипептида, любая замена или удаление аминокислоты меняет или разрушает согласованность каталитических функций белка. Первичная структура белка это ниточка из аминокислот каждая стоит строго в заданном месте последовательности, сначала сворачивается в спираль или складки, где спиральные участки гидрофобные, а складки гидрофильные, в этих условиях при понижении температуры ниже 43 градусов вторичная структура автоматически согласно принципу наименьшего действия начинает образовывать объёмную ритмичную структуру, где гидрофильные части движутся в направления молекул воды, а гидрофобные вытесняют воду слипаются образуя каталитические зоны ао форме пространственного объема точно совпадающие с пространственной формой толи или иной необходимой макромалекулой. Так вот 20 видов аминоацил-тРНК-синтетаза имеют три правильно расположенных пространственных зон в одну садится точно как пазл тРНК, в другую зону только одна из 20 аминокислот, а третью зону молекула АТФ. Видите согласованность, 20 аминокислот каждая имеет индивидуальную по форме пространственную структуру, которая точно как пазл входит только в одну из аминоацил-тРНК-синтетаза, 61 тРНК имеет 20 особенностей форм третичных структур и каждая особенная третичная структура тРНК точно по форме пазла совпадает только с одной из 20 аминоацил-тРНК-синтетаз. Ферменты аминоацил-тРНК-синтетаза таким образом вылавливают строго определенные аминокислоты из раствора по форме пазла, по тому же принципу вылавливают из раствора по форме пазла строго определенную тРНК, у некоторых тРНК форма совпадает, поэтому 61 тРНК может переносить только 20 аминокислот. Определенная аминокислота и определенная тРНК садятся в сови пазлы в аминоацил-тРНК-синтетазе, а в третью зону по форме пазла совпадающая с молекулой молекулярной батарейкой АТФ. Все три зоны в ферменте так пространственно согласовано с ориентированы в пространстве что вставшие в каталитические зоны все три молекулы принудительно начинают взаимодействовать, сначала молекула АТФ пристегивает к себе удачно рядом сидящую аминокислоту, потом отщепляет дифосфат, при этом выделяется много энергии, поворачивает молекулу аминокислота+АМФ и перецепляет от себя на молекулу аденина на конце рядом сидящей соответствующей тРНК, так каждому строго заданному антикодону тРНК вешается строго определения аминокислота. При абиогенезе таких ферментов аминоацил-тРНК-синтетаз как минимум нужно 20 и тысячи их копий, тоже касается и тРНК как минимум 61 с 20 отличными по форме третичными структурами совпавшими с зонами посадки тРНК в аминоацил-тРНК-синтетаз и их нужно собирать одновременно тысячи копий. Вот почему сборка полинуклеотидных цепей РНК и полипептидных цепей аминокислот белков это высокоточная сборка не терпящая никакой ошибки, каждая аминокислота и нуклеотид должен находится точно на заданном месте последовательности.
|
|
|